企业专项基金需接受监督
　　
　　企业与公益组织还有一种合作方式是企业通过捐款在基金会下面建立专项基金，以实现某一特定方向的公益目标。在专项基金的管理上，企业与基金会是一种上下级关系。专项基金的使用需接受基金会的监督及指导。
　　
　　目前中华思源工程扶贫基金会的下设专项基金共有13个，“你的捐赠你做主”是中华思源工程扶贫基金会提出的口号，按照基金会副秘书长陶鸣的说法，这是基金会尊重《捐赠法》的体现，企业与中华思源工程扶贫基金会合作，在其下设立专项基金时，除了需要符合基金会宗旨、章程及业务管理范围等大方向外，必须提供企业的一些资质证明，在确定与企业共同设立专项基金后，思源基金会会在民政部为各专项基金办理注册手续，并为其取得独立身份，成为非法人的独立机构，为专项基金争取最大的“自由”，各专项基金手里都握有独立公章，便于其开展公益活动。但即便基金会努力给企业管理权，专项基金的使用仍不能脱离基金会的监管。基金会人员会进入专项基金管理委员会，在专项基金执行项目时，基金会的工作人员将从旁辅助，起到引领和指导作用。
　　
　　与企业共同管理专项基金，对双方来说，都是实现透明公开的督促，“以前我们对企业说我们基金会去了哪些边远山区，当地有多贫困，对他们来说都只是个印象，但在共同参与项目执行的过程中，企业会更切身感受到参与公益的意义。”陶鸣说。而为了避免关联交易，在项目运营到一定阶段后，基金会会请第三方机构进行专项基金的评估。